反渗透膜系统的预处理工艺设计，是可以有效地去除掉原水中带来的污染物质，但不一定全部去除掉，每一套的反渗透膜系统做好反渗透膜清洗就是很重要，但长期的运行下，也会日积月累，膜元件还是会受到污染，但受到污染之后及时发现，通过物理方法或者化学方法都是可以去除掉。
当原水水质发生改变或无法避免的微生物污染发生后，清洗频率要尽量低，有时候操作失误会造成反渗透膜的污染，如回收率太高或加药系统不正常等，膜被污染产水量会下降，脱盐率会下降，进口与浓水之间的压力差会升高。如果症状符合标准化后的产水量减少10-15％；脱盐率下降0.5％；压差上升15％（与初始24-48小时的压差值对比）这些症状，就要及时清洗反渗透膜。
反渗透膜清洗设备的配置：
1、清洗药箱：化学清洗药箱通常是PE或FRP材质，可以耐受PH范围1-12。
2、清洗加热装置：清洗温度尽量高些，比如20-40℃，化学清洗不要在10℃以下进行，因为清洗效率很低,因此清洗时还需加热装置。
3、清洗药剂：酸性清洗剂以及碱性清洗剂。
4、清洗泵：清洗为耐酸碱性泵，流量12-15m3/h，扬程20-30米。
5、清洗时须安装相应的管道、阀门、压力表，把泵的出水口接到膜的进口，把浓水管接到药箱内，在接到原水箱内前先安装一球阀，把药箱和泵连接上。
